Jan Paweł II umierał w swoim pokoju. Do ostatnich chwil otoczony był Polakami. Przy jego łożu byli jego dwaj sekretarze arcybiskup Stanisław Dziwisz i ksiądz Mieczysław Mokrzycki, a także kardynał Marian Jaworski ze Lwowa, arcybiskup Stanisław Ryłko, ksiądz Tadeusz Styczeń, trzy polskie siostry sercanki wraz ze swą przełożoną siostrą Tobianą Sobódką i ekipa medyczna.

Dopiero po śmierci Jana Pawła II do jego pokoju weszli najwyżsi rangą hierarchowie z Kurii Rzymskiej.

Papież poważnie chorował od kilku tygodni. Dwukrotnie przebywał w klinice Gemelli. 24 lutego przeszedł operację tracheotomii. 30 marca założono mu sondę nosowo-żołądkową. Powrócił ze szpitala 13 marca. Nie był już w stanie wymówić ani jednego słowa.

Nie wziął udziału w uroczystościach Wielkiego Tygodnia. Tradycyjnego błogosławieństwa „Urbi et Orbi” udzielił w milczeniu. W ciągu kilku miesięcy stracił na wadze 19 kilogramów.

W dniu śmierci, 2 kwietnia o godzinie 7:30 rano, papież zaczął tracić przytomność. Doszło do gwałtownego wzrostu temperatury. Około godziny 15.30 bardzo słabym głosem papież miał powiedzieć: „Pozwólcie mi iść do domu Ojca”.

O godzinie 20.00 w pokoju Ojca Świętego pod przewodnictwem arcybiskupa Stanisława Dziwisza rozpoczęła się msza święta z okazji uroczystości Bożego Miłosierdzia. Koncelebrowali ją kardynał Marian Jaworski , arcybiskup Stanisław Ryłko i ksiądz Mieczysław Mokrzycki. W czasie mszy udzielono Janowi Pawłowi II świętego wiatyku i ponownie sakramentu chorych.

Kilka minut po godzinie 22 do wiernych zgromadzonych na Placu św. Piotra wyszedł arcybiskup Leonardo Sandri. - O godzinie 21.37 nasz Ojciec Święty powrócił do domu Ojca – mówił poruszony.

Wszyscy zamarli, po chwili zaczęli cicho klaskać i po raz ostatni skandować – wiwat Papa.

W Krakowie na Wawelu zabił dzwon. W innych miastach zawyły syreny. Zabłysły płomienie świec. Wierni zaczęli schodzić się do kościołów. Płakali. W oknach polskich domów zawisły flagi, przewiązane czarną wstęgą. Jeszcze w nocy zaczęto odprawiać pierwsze msze. Przerywano transmisje niektórych programów telewizyjnych.

Jan Paweł II umarł po długiej chorobie w 9666 dniu swojego pontyfikatu. Był papieżem przez 26 lat jako pierwszy zwierzchnik Kościoła katolickiego spoza Włoch od XVI wieku. Pozostawił testament, który rozpoczyna się cytatem z Ewangelii wg św. Mateusza „Czuwajcie, bo nie wiecie, kiedy Pan wasz przybędzie”.

W tym roku Watykan, w odróżnieniu od poprzednich lat, nie będzie już obchodził szóstej rocznicy odejścia Jana Pawła II, podobnie będzie w kolejnych latach. Papież Polak, mimo że uroczystości beatyfikacyjne odbędą się dopiero 1 maja, formalnie bowiem został uznany błogosławionym już 14 stycznia. Wyniesienie na ołtarze oznacza, że nie trzeba więcej modlić się za duszę zmarłego, bo jest już ona w niebie.