Działania rządu centralnego napotkały na opór. W 1959 roku powstała ETA (Euskadi Ta Askatasuna – Ojczyzna Basków i Wolność), organizacja niepodległościowa, która nie ograniczyła się do organizowania manifestacji, a zaczęła dokonywać ataków terrorystycznych.
Łączna liczba ofiar zamachów dokonanych przez baskijskich ekstremistów to 829 osób. Ostatnią jest francuski policjant, który zginął w 2010 roku. ETA próbowała zabić nawet króla Juana Carlosa i lidera Partii Ludowej Jose Marię Aznara.
Dopiero w 2011 roku ETA ogłosiła wstrzymanie działań bojowych, ale broń zaczęła składać w ostatnich miesiącach. Madryt i Paryż odmawiały dotąd podjęcia negocjacji z organizacją, negując jej prawa do stawiania jakichkolwiek warunków. W więzieniach na terenie Hiszpanii i Francji przebywa wciąż około 350 baskijskich ekstremistów, a w hiszpańskich mediach obowiązuje w tekstach na temat ETA termin „banda zbrojna ETA”.
Plan Ibarretxe
W 2004 roku w Kortezach, czyli hiszpańskim parlamencie, został złożony tzw. Plan Ibarretxe przygotowany przez baskijskie organizacje nacjonalistyczne chcące iść drogą legalności. Przewiduje on znaczące poszerzenia autonomii Kraju Basków. Naturalnie plan został odrzucony i od tego czasu trwa impas.
Hiszpania jest zresztą o wiele bardziej podzielona. Niechęć wobec rządów Madrytu przejawiają również mieszkańcy Andaluzji, która najdłużej pozostawała pod wpływem arabskim. Pedro Ignacio Altamirano, pisarz i lider separatystów, ogłosił, że tzw. Narodowe Zgromadzenie Andaluzji przygotowuje propozycję teoretycznej niepodległości.