Początkowo miano Polsce przekazać ok. 30 tysięcy obiektów, co stanowiło drobny ułamek całości zbiorów. Ostatecznie, wskutek licznych protestów i zabiegów, przekazano ich 200 tysięcy, czyli mniej więcej ¼ polskiego przedwojennego stanu posiadania. W dwu transportach, w lipcu 1946 i marcu 1947 roku przyjechały do kraju skrzynie, a o ich zawartości przekonano się dopiero na miejscu, gdy rozpoczęto rozpakowywanie i porządkowanie. Bardzo w tym pomogły przemycone przez Gębarowicza ze Lwowa spisy katalogowe.
Pracując na rzecz ratowania dla Polski zbiorów lwowskich Gębarowicz stracił możliwość wyjazdu do kraju. W połowie roku 1946. upływał termin rejestracji na wyjazd, a w połowie roku 1947. termin opuszczenia Związku Sowieckiego. Z obu tych terminów nie skorzystał. W Polsce czekały go stanowiska naukowe, m.in. na Uniwersytecie Wrocławskim, czy w Polskiej Akademii Umiejętności, czekała go „profesorska” willa na wrocławskim Oporowie, gdzie osiedlano przybywających do miasta naukowców, czekali koledzy – historycy sztuki. Mógł wybierać.
Czy to miało jakiś sens?
I wybrał. Pozostał we Lwowie. Żegnał miesiąc po miesiącu kolejnych znajomych i współpracowników, aż w końcu pozostał z garścią kilku tysięcy Polaków, którzy nie wyobrażali sobie życia gdzie indziej. Żył tam jeszcze przez cztery dekady, pisząc książki, opracowując źródła, pomagając polskim naukowcom, także organizując przemyt pewnych dzieł i archiwaliów, które nie były ujęte w miejscowych katalogach i można je było bezpiecznie przewieźć do Polski. Dla polskich historyków sztuki był legendą.
Przez cały czas zmagał się z konsekwencjami swojej decyzji o pozostaniu, choć nigdy nie zdradził nikomu, że chciałby ją odwrócić. W liście do przyjaciela napisał: „historia się nie skończyła. Uważam się za kamień, który rzucony na szaniec większy ode mnie, musi dolecieć i nie dowie się nigdy, czy to miało jakiś sens…”
Zmarł we Lwowie 2 września 1984 roku i został pochowany na Cmentarzu Łyczakowskim.
– Robert Bogdański