Amnestionowany w 1858 zamieszkał w Kiachcie na granicy chińskiej, potem na zachodzie – w Irkucku! – a stamtąd już, zaraz po amnestii, do Warszawy. Trafia akurat na manifestacje patriotyczne – i, ułożywszy „Posłanie do wszystkich rodaków na ziemi polskiej”, staje się jednym z liderów ówczesnej „rewolucji moralnej”, wzywając do demonstracyjnej żałoby, do zbratania stanów, w ostatecznym zaś rzeczy rachunku – do powstania.
Ranny podczas szturmu Kozaków na manifestację pod katedrą na Świętojańskiej, korespondent krakowskiego „Czasu”, a co za tym idzie na poły rzecznik, na poły dyplomata rebelii, wchodzi latem 1862 do Komitetu Centralnego i 1 listopada 1862 ogłasza koncepcję „tajnego państwa polskiego”.
Staje się jednym z jego przedstawicieli i przywódców: w Londynie kupuje broń i negocjuje z rosyjskimi radykałami, w Warszawie wchodzi w skład Rządu Narodowego: trzyma w rękach kontakty z Galicją i emigracją, redaguje cztery czasopisma i śpi tyleż godzin na dobę.
Od kwietnia 1864 na emigracji najpierw w Saksonii, potem w Szwajcarii, zaczyna spisywać historię zesłańców na Syberii i powstania styczniowego. Styl miał niezły, spiżowy: „Od chwili ujarzmienia i rozbiorów państwa polskiego było siedmnaście większych lub mniejszych powstań i walk o niepodległość Polski. Każdy z tych ruchów oswobodzenia nieprzyjaciele naszego narodu przedstawiali w sposób stronniczy, a więc nieprawdziwy – o żadnym jednak nie napisali tyle fałszów, o żadnym nie wyrażali się z taką zaciekłą nienawiścią, zdradzającą wielki niepokój, jak o powstaniu w 1863 roku” – pisze w pierwszych zdaniach swojej „Historii Powstania”.