Wydarzeniem, które zdetonowało wybuch gniewu Wandejczyków, było zamknięcie kościołów i kaplic nieobsługiwanych przez księży zaprzysiężonych w dniu 6 marca 1793 roku i ogłoszenie poboru rekruta do amii rewolucyjnej w następnym dniu. W kolejnych dniach nastąpiły spontaniczne ataki na siedziby władz lokalnych, plebanie księży zaprzysiężonych i oddziały Gwardii Narodowej. Uzbrojeni w kije, siekiery, a rzadziej broń palną powstańcy przegnali przedstawicieli władz rewolucyjnych nie tylko w departamencie Wandei, ale na dużym obszarze północno-zachodniej Francji, w czym wsparli ich także ci mężczyźni, którzy zgłosili się do poboru, ale wsparli powstanie. Podstawą armii powstańczej stały się oddziały parafialne, które potrafiły nawiązać współpracę między sobą między innymi dzięki sygnałom przekazywanym przez skrzydła wiatraków. Było to prawdziwe powstanie ludowe, gdyż
większość szlachty przestraszyła się radykalnych haseł dzielenia ziemi. Pierwszym dowódcą armii wandejskiej był zakrystian Jacques Cathelineau, który zginął już w lipcu 1793 roku pod Rennes. Po jego śmierci oddziałami powstańczymi dowodził Maurice Gigost d’Elbée, który niezwykle usprawnił system dowodzenia i zdobył fanatyczną wręcz lojalność podkomendnych. Powstańczą radą, która decydowała w sprawach politycznych, kierował ks. Gabriel Guyot de Folleville. Armia powstańcza składała się z trzech części: awangardy, głównej siły, dowodzonej przez d’Elbée, oraz ariergardy, którą dowodził szczególnie zasłużony w bojach dwudziestodwuletni hrabia Henri de La Rochejaquelein. Początkowo taktyka powstańców, zaskakujących wojska rewolucyjne w znanym sobie terenie, przynosiła Wandejczykom sukcesy, podobnie jak niezwykle bojowy nastrój walczących. Jedna z pieśni powstańców zawierała słowa:
„Uderz się w piersi, przejrzyj wreszcie na oczy,
To ta brudna doktryna nas unieszczęśliwia.
Spójrz na lud braterski, jedną wiarą złączony,
Śpiewając, jak przodkowie: Niech żyje Kościół!
Niech żyje król!”
Nie bez racji odwoływano się do „Deklaracji praw człowieka i obywatela”, poprzedzającej jakobińską konstytucję z 24 czerwca 1793 roku. Jak na ironię, w stosunku do deklaracji z 1789 roku dodano w niej artykuł 35, który stanowił, że „kiedy rząd gwałci prawa ludu, powstanie jest dla całego ludu i każdej jego części najświętszym z praw i najkonieczniejszym z obowiązków”.
Dzięki powstaniu w Wandei duchowieństwo i wierni w sporej części północno-zachodniej Francji odetchnęli przejściowo od prześladowań, które spadły na nich w pierwszych latach po rewolucji. Kiedy jednak wojska rewolucyjne przystąpiły do totalnej wojny z wandejskimi powstańcami, sytuacja Kościoła stała się dramatyczna. Opór duchowieństwa i wspierającej je części społeczeństwa w Wandei był brutalnie i krwawo łamany. Działania armii rewolucyjnej przeciw powstańcom wandejskim są pierwszym przykładem ludobójstwa w najnowszych dziejach. Polegały one bowiem nie tylko na walce z oddziałami powstańców, których nazywano „bandytami”, ale na planowej masakrze ludności cywilnej.