Po trzech latach Cardenal porzucił trapistów i wstąpił do seminarium w Meksyku, by po uzyskaniu święceń kapłańskich wrócić do Nikaragui. Tam założył wspólnotę zakonną w Solentiname, w której propagowano mertonowskie poglądy. To wtedy Cardenal przyłączył się do Frontu Narodowego im. Sandino, czyli skrajnie lewicowej organizacji politycznej, która zwalczała prawicowe władze. Gdy to odkryto, Cardenal uciekł na komunistyczną Kubę i został nieoficjalnym rzecznikiem sandinistów.
Kapłan tak mocno zaangażował się w politykę, że 19 lipca 1979 roku wraz z oddziałami rewolucyjnymi wkroczył do stolicy Nikaragui, uczestniczył w obaleniu poprzednich władz, a później w sandinistowskim rządzie został ministrem kultury.
Stolica Apostolska zgodnie z prawem kanonicznym zażądała, by Cardenal zrzekł się stanowiska. Jako kapłan nie mógł on bowiem sprawować takiego urzędu. Pozostanie w rządzie, tłumaczono, oznacza automatyczną suspensę. Duchowny ustąpić jednak nie zamierzał.
W 1983 roku podczas pielgrzymki do Nikaragui Jan Paweł II wykonał spektakularny gest – odsunął swoją dłoń od kapłana, nie pozwalając mu ucałować pierścień. Poprosił go też, aby uregulował swoje relacje z Kościołem. I teraz Cardenal zdania nie zmienił ( z rządu odejdzie w 1987 roku).
Jan Paweł II zareagował błyskawicznie – nałożył na kapłana karę suspensy. Od tego momentu Cardenal nie sprawował już posługi kapłańskiej, skupił się na pracy politycznej, a później na działalności poetyckiej i kulturalnej. Z partii sandinistów wystąpił dopiero w latach 90., nie zgadzając się z autorytarnym sposobem jej działania.
Rehabilitacja czy zdjęcie kar?
Suspendowany kapłan nie starał się o uchylenie kar kościelnych, także za obecnego pontyfikatu. Cardenal zapewniał wprawdzie, że papież Franciszek go zachwyca, ale nie prosił o zmianę decyzji. Dopiero niedawno, ciężko chory miał on poprosić nuncjusza apostolskiego o uchylenie suspensy. Papież odpowiedział na prośbę pozytywnie.