Praca w Służbie Bezpieczeństwa, o której od dawna marzył, szybko go jednak rozczarowała. I to mimo, że otrzymał „na specjalnych zasadach” pod koniec 1982 r. – co nie było wówczas normą nawet w przypadku SB – mieszkanie (typu M-4 – 62, 5 m2) oraz 700 tys. złotych na jego wykończenie. I mimo, iż należał do ulubieńców Władysława Kucy, który szefował Biuru Studiów.
Wiosną 1983 r. Eligiusz Naszkowski rozpoczął – za plecami swoich przełożonych – starania o przeniesienie do wywiadu i wyjazd zagranicę w celu rozpracowywania działaczy Solidarności we Francji. Nikt go tam jednak nie zamierzał wysyłać.
Owszem przeniesiono go – we wrześniu1984 r. – do Departamentu I MSW, przeszkolono w zakresie pracy wywiadowczej (m.in. w kwestii zachowania się w terenie, operacyjnych sposobów zdobywania informacji), a także poinformowano o zakresie zainteresowań tej jednostki. Tyle tylko, że wzorem swojego idola Andrzeja Czechowicza, który inwigilował Radio Wolna Europa, miał trafić do Ułan Bator w zaprzyjaźnionej Mongolii.
Nigdy tam jednak nie dotarł, zniknął, aby po pewnym czasie pojawić się na Zachodzie. W resorcie spraw wewnętrznych wszczęto śledztwo, „poleciały głowy” (m.in. Kucy). Tym bardziej, że Naszkowski brylował w mediach ujawniając prawdziwe fakty i opowiadając zwykle bzdury o funkcjonowaniu Służby Bezpieczeństwa.
Nie potencjalne straty propagandowe były jednaj najgorsze, a jego zakres wiedzy – zaskakujący duży, jak na człowieka, któremu mieli nie ufać nawet jego koledzy z SB. Przypuszczano np., że mógł rozszyfrować „źródła zabezpieczające L[echa] Wałęsę”, czyli tajnych współpracowników o pseudonimach „Jerzy Zalewski”, „Zenit”, „Weteran”, „Kozłowski”, „Marian” i „Felicjan”.
Modlitwa za działacza
Eligiusz Naszkowski nie dal o sobie zapomnieć również po 1989 r. W 1990 r. zadzwonił z Paryża i udzielił telefonicznego wywiadu pilskiemu „Tygodnikowi Nowemu”. Przedstawił się w nim, jako... podwójny agent. Niejako przy okazji zasugerował, że Wałęsa był agentem SB o pseudonimie „Bolek”.
W tym samym roku – znów w rozmowie z „Tygodnikiem Nowym” – rzucił na przewodniczącego Zarządu Regionu Wielkopolska z 1981 r. Zdzisława Rozwalaka podejrzenie o nagranie dla Służby Bezpieczeństwa posiedzenia radomskiego w grudniu 1981 r.
Z kolei w 2006 r., kiedy rozpoznał go jeden z pilskich taksówkarzy, zapytał go czy zna Jacka Ciechanowskiego – działacza pilskiej Solidarności oraz Prawa i Sprawiedliwości w tym mieście. A po pozytywnej odpowiedzi, stwierdził tajemniczo, żeby się za niego modlił.
W 2005 r. po publikacji dotyczącej kulis jednej z operacji SB przeciwko Wałęsie zaproponował z kolei – oczywiście odpłatnie – swoje rewelacje „Rzeczpospolitej”. Nigdy do tego nie doszło, gdyż po obszernym tekście na łamach tej gazety kontakt z nim się urwał.