Największą innowacją było jednak zaproponowanie nowego procesu twórczego w taśmowej pracy nad komiksem. Chodzi tutaj o tzw. Marvel Method. Aby ułatwić pracę nad historią, scenarzysta komiksu podawał rysownikowi zaledwie zalążek fabuły i pozwalał mu na nadanie jej rytmu, dynamiki akcji, a nawet sposobu rozłożenia kadrów.
Następnie pisarz zjawiał się po narysowaniu poszczególnych plansz, aby wpisywać dialogi do dymków. Dla Lee, piszącego na początku większość nowo powstałych serii Marvela w latach 60., było to potrzebne uelastycznienie pracy. Wynikało jednak z tego wiele problemów personalnych, a zwłaszcza ambicjonalnych…
Bezwzględny biznesmen
Pierwszy poważny konflikt wybuchł przy tworzeniu zeszytów o Spider-Manie wraz z rysownikiem Stevem Ditko. Niedawno zmarły artysta czuł się wówczas wykorzystywany przez Stana Lee. Ten bowiem zwlekał z dawno obiecywanym awansem twórczym przy pracach nad pajęczą serią.
A z relacji samego Ditko można wywnioskować, że to on był zasadniczo spiritus movens perypetii Petera Parkera – proporcja zaangażowania w proces twórczy była nieporównywalnie większa w porównaniu z przepracowanym Lee. Antagonizm rozrósł się na tyle, że materiały do kolejnych historii były przekazywane poprzez sekretarkę. W pewnym momencie Ditko nie wytrzymał ze swym rozgoryczeniem i honorowo opuścił Marvel Comics, ogłaszając wszem i wobec, że już nigdy nic dla nich nie narysuje ani nie stworzy.
Podobnie sytuacja miała się z Jackiem Kirbym, który w pewnym momencie nie tylko nadawał ton i atmosferę historiom Stana Lee, ale też otwarcie sugerował, jakie wstawić dialogi. Te burzliwe relacje są zresztą świetnie oddane w nieautoryzowanej przez władze Marvela książce „Niezwykła historia Marvel Comics” Seana Howe’a, bezkompromisowo portretującej ewolucje komiksowego molocha na przestrzeni lat.
Pomimo tak wielkich zasług, ani Kirby, ani Ditko nie zyskali za życia należnego splendoru za wkład wniesiony w potęgę uniwersum Marvela. Lee zawczasu zadbał o podpisanie lukratywnych dla siebie umów i asystę prawników troszczących się o jego interesy. Uważał, że ważniejsze od realizacji wizji jest wymyślenie idei stanowiącej jej rdzeń, a wszelkie współautorstwo można wziąć najwyżej „pod rozwagę”. Rzecz jasna to nie było ani trochę satysfakcjonujące dla dawnych kolegów z pracy.
Twarz marki
Stan Lee nigdy otwarcie nie przyznał racji swym współpracownikom, zgodnie z zaleceniami adwokatów, czym zresztą specjalnie się nie przejmował. Wolał pisać nowe fabuły oraz promować własną twarzą i charyzmą kolejne komiksy, tworząc wokół wydawnictwa wspólnotę fanów.