Z administracji publicznej odchodzi w marcu 2008, wraz z końcem prezydentury Putina. Wraca do służby publicznej w 2010 roku, obejmując kierownictwo administracji skarbowej.
Rosyjscy obserwatorzy są zdania, że Miszustin odszedł, bo nie chciał zgodzić się na ingerencje Anatolija Serdiukowa, wówczas ministra obrony, który rozpoczął reformę rosyjskich sił zbrojnych, ale wcześniej, kierował służbami podatkowymi (jego „osiągnięciem” było rozpracowanie Jukosu). Serdiukow prywatnie był zięciem Wiktora Zubkowa, „technicznego premiera”, który odszedł, robiąc miejsce Putinowi.
Wprowadzane przezeń porządki w rosyjskiej armii wywołały wściekłość generalicji, co w rezultacie doprowadziło do dymisji Serdiukowa i awansu dzisiejszego ministra Siergieja Szojgu. Gdy wpływy Serdiukowa pozbawionego protekcji teścia zaczęły maleć, pojawiła się kandydatura Miszustina, który ponoć zaproponowany został przez bliskiego Putinowi byłego ministra finansów, wicepremiera i doradcę rosyjskiego prezydenta, a dziś szefa rosyjskiego NIK Aleksieja Kudrina. To z kolei, plasuje obecnego premiera w gronie szeroko pojętego obozu liberałów. Chodzi oczywiście o określane tym mianem skrzydło rosyjskiego establishmentu, grupę w obozie władzy złożoną ze zwolenników modernizacji gospodarki rosyjskiej oraz utrzymania jej relacji ze światem.
Miszustin, który nota bene ma doktorat z ekonomii, pozostaje w dobrych kontaktach również z innym przedstawicielem tej grupy, niegdyś wicepremierem, a obecnie szefem największego rosyjskiego banku Sbierbank Germanem Grefem. Nowy premier w czasie, kiedy pozostawał poza administracją publiczną, czyli w latach 2008 – 2010 pracował jako szef UFG Capital Partners, firmy zarządzającej funduszami inwestycyjnymi powołanej przez Borysa Fiodorowa, byłego ministra finansów, którego zresztą Miszustin spotkał wcześniej na swej drodze. Klientami przedsięwzięcia, w którym uczestniczył też kapitałowo Deutsche Bank, były największe rosyjskie firmy publiczne ze Sbierbankiem na czele.
Lista najlepiej zarabiających żon
To wtedy Miszustin zarobił naprawdę duże pieniądze, choć formalnie wraz z jego powrotem do administracji publicznej głównym beneficjentem stała się jego żona, Władlena od kilku już lat znajdująca się na liście najlepiej zarabiających żon wysokich rosyjskich urzędników państwowych.