Zjawisko wpływu konkretnych drobnoustrojów, na ogół chorobotwórczych, na usposobienie bada się także w modelach zwierzęcych. U zwierząt eksperymentalnych infekcje układu pokarmowego mają wpływ na ośrodkowy układ nerwowy. Taki np.
Campylobacter jejuni powoduje u zakażonej myszy nadpobudliwość i pobudzenie nerwu błędnego, nawet poprzedzające stymulację układu immunologicznego. Z kolei chroniczne zakażenie
Helicobacter pylori (czyli wstęp do
choroby wrzodowej żołądka) prowadzi u gryzoni do zmiany zwyczajów żywieniowych.
Gryzonie, którym przeszczepiono kał od osób cierpiących na Parkinsona, schizofrenię, autyzm lub depresję, często rozwijają odpowiedniki tych problemów. Z kolei transplantacja tym chorym zwierzętom mikrobiomu ludzi zdrowych czasami łagodzi objawy. Czyli w kwestiach psychiki – eksperymentalnie – przeszczep mikrobiomu może być równie skuteczny, jak w kwestii leczenia otyłości czy insulinooporności. I co ciekawe, owe ludzkie drobnoustroje radzą sobie pomiędzy gospodarzami tak odmiennymi genetycznie, jak człowiek i szczur.
Z powyższych badań wynika, że w komunikacji pomiędzy naszym mózgiem i przewodem pokarmowym najistotniejszą rolę pełni nerw błędny. Przekazuje on mózgowi informację o zmianach w jelitach: zapalnych, hormonalnych, nerwowych i co do składu mikrobiomu. Bakterie dzięki swemu, nieprzypominającemu naszego metabolizmowi (np. przedziwnym rodzajom fermentacji) zdolne są produkować np. krótkołańcuchowe kwasy tłuszczowe, znane ze swej zdolności wpływania na działanie mózgu (kto nie wierzy, niech przypomni sobie ostatniego kaca – to wszystko właśnie przez nie).
Oś mózgowo-jelitowa to prawdziwy, dwustronny system komunikacji nerwowej: kluczowym neurotransmiterem jest tu serotonina, popularnie określana mianem „hormonu szczęścia". Gdy zjemy
czekoladę, która stymuluje produkcję serotoniny, wpadamy w dobry nastrój. Jest niezbędna przy naturalnym porodzie, od niej bowiem zależą skurcze macicy. Najwięcej serotoniny syntetyzują noworodki, jej niedobór powoduje zaś odczuwanie nieszczęścia i jesienny spleen – do tego stopnia, że gdy jej poziom jest mocno rozregulowany (ze względu na nieprawidłowy „recykling” jej receptora w błonach komórek nerwowych w synapsie), trzeba zaprzyjaźnić się z fluoksetyną (prozakiem) czy innymi antydepresantami. Produkty przemiany materii drobnoustrojów mogą wpływać na tak zwane komórki enteroendokrynne, które znajdują się w wyściółce jelita i uwalniają hormony. Komórki te pomagają regulować trawienie i kontrolować produkcję insuliny, ale także uwalniają serotoninę.