Episkopat patrzył na te struktury niechętnie (kilkakrotnie przedstawiał stronie rządowej projekty uregulowania kwestii ordynariatu, podkreślał, że kapelani powinni otrzymywać jurysdykcję od biskupów ordynariuszy), nie chcąc jednak zaogniać konfliktu – przymykał na nie oko. Księża kapelani zaś, związani „zawodowo” i towarzysko z LWP, mieli nie lada problem ze swą lojalnością – niemal wszyscy zresztą, od końca lat 40. zwerbowani byli przez Informację Wojskową. Kłopot ten mieli nie tylko w latach stalinizmu: ostatni Generalny Dziekan LWP, ks. płk Florian Klewiado sprawujący swą godność w latach 1986-1991, wsławił się głównie spaleniem pod koniec 1990 roku całości akt Kancelarii Dziekanatu…
Drugim „koniem trojańskim” były struktury grupujące kombatantów. Od początku wchodzili w ich skład (głównie w Związku Byłych Więźniów Politycznych Hitlerowskich Więzień i Obozów Koncentracyjnych) duchowni uwięzieni podczas wojny w niemieckich KZ-tach, głównie w Dachau. Po przymusowym zjednoczeniu ruchu kombatanckiego 1 września 1949 w strukturę Związku Bojowników o Wolność i Demokrację uznano, że to „księża kombatanci” mogą stać się zaczynem odrębnej struktury.
Komisja Księży i wielkie wzruszenia
Bezpośrednio po kongresie, na którym powołano ZBoWiD (w miesiąc po wizycie Bieruta na Kremlu!) do Belwederu udała się delegacja księży-kombatantów. W styczniu 1950 przy Zarządzie Głównym ZBoWiD powołano tzw. Komisję Księży – i, choć nie miało to wielkiego sensu (wśród przeszło tysiąca członków ruchu kombatanci stanowili niespełna 10 proc.), to Komisja, stając się niejako „państwem w państwie”, zaczęła rozbudowywać swoje struktury wojewódzkie i powiatowe, wciągając kolejnych duchownych.
Patrząc na księży zaangażowanych w ruch utworzony przy ZBoWiD, można wyróżnić przede wszystkim cztery środowiska. Pierwsze, którego rola z czasem malała, to „kombatanci”. Pojęcie to zresztą systematycznie rozmywano – według regulaminu Komisji za kombatanta uznawano księdza, który „walczył z faszyzmem lub był prześladowany przez okupanta albo sanację”.
Druga grupa to wspomniani już duchowni z Dziekanatu Polowego. Spośród nich też wywodzili się najbardziej znani działacze ruchu, tacy jak ks. Antoni Lemparty, kapelan LWP, czy ks. płk Roman Szemraj, w latach 1947-1954 współpracownik Informacji Wojskowej, a od stycznia 1953 – Generalny Dziekan LWP. Trzecia – to duchowni-intelektualiści, często z zacięciem religioznawczym, nieraz mający poczucie niezrozumienia czy ograniczania swych aspiracji: wśród „księży patriotów” znaleźli się ks. prof. Jan Czuj czy ks. prof. Józef Pastuszka, ale też – znamienne – duchowni, którzy w latach 50. czy 60. odeszli ze stanu kapłańskiego, jak prof. Mieczysław Żywczyński czy Józef Keller.